현재 호남본부는 크게 안전혁신처, 재산지원처, 호남권사업단으로 구성되어있습니다. 안전혁신처는 건설안전부, 시설안전부, 시설개량부, 시스템개량부로 구성되며 재산지원처는 사업지원부, 재산부, 용지부로 구성되어있습니다. 그리고 호남권사업단은 사업총괄부, 보성임성리PM부, 궤도PM부, 건축설비PM부, 시스템PM부, 호남고속군장선사업소로 구성되어있습니다.